日本陆军高层与海军高层不和已久，影响到侵犯福建的陆军与海军也常闹矛盾。亲近海军的张逸舟部反正后，“陆军方面便大加抨击，说着海军方面所运用的人物都不行”，日方就派遣亲近陆军的伪军“福建绥靖军”翁尚功部约1500人（含文职人员），从福州地区调驻马祖列岛，司令部依然设在马祖岛。

　　翁尚功，福建福清人。日本航空学校毕业后，归国参加抗战，在武汉大会战的空战中负伤。回闽养伤期间，投敌当汉奸，任伪军张逸舟部参谋长。他曾于1932年5月在省防军第二混成旅干部学校第三期军官队学习时结识旅长萧叔宣，遂又赴南京投奔已在汪伪政府担任高官的萧叔宣，奉命往广东汕头一带组建“华南绥靖军”，流窜在闽粤边界的南澳岛地域。1944年10月，该部主力随日军进犯福州，改称“福建绥靖军”。

　　翁尚功在福州期间，意识到日伪政权已日薄西山，此时也是脚踩两只船，秘密地与军统局闽北站搭上关系。该部进驻马祖列岛之初，因时机尚未成熟，没有对途经此地逃往上海的原闽江口日本陆军动手，但给滞留在川石岛上的日本海军陆战队形成潜在的威胁。

　　当日本在太平洋战场节节败退时，日军为了固守川石岛，于1944年10月逼迫岛上全体成年人，在将近半年的时间里，“无日或息”地修筑如下防御工事：“一、交通壕能贯通全岛，行数十武即置一轻机枪；二、壕内设备精良，有弹药贮存所及士兵休息所、指挥所等；三、高地有山炮阵地、重机枪阵地等；四、防空壕洞隔二里许则有一所，建筑坚固而又安全；五、交通及防空洞均建架电话网贯通全岛，藉以通讯联络。”

　　1945年5月18日，福州第二次光复。中国军队乘胜追击，至22日，闽江口绝大部分区域光复。川石岛的日本海军陆战队更是惶惶不可终日，又“征集全岛民众，苦工三月”，加固或完善“散兵坑、机枪掩体及步哨位之交通壕”等防御工事，企图藉坚固的工事、精良的武器和充足的物资，进行垂死挣扎。

　　8月6日，美国在日本广岛投下原子弹；8日，苏联对日宣战；9日，美国在日本长崎再投原子弹；10日，日本政府接受促其投降的《波茨坦公告》。据当时报载：“闽海各岛困敌，近因战局越趋危殆，恐慌愈甚，企图逃亡之迹象明显。敌掳掠囤积于各岛之物资，周来纷纷自行焚毁。川石岛八日晚亦曾发现熊熊火光，午夜未熄。”“又闻敌人当未撤（川石岛）前，曾焚毁物资及军用品五昼夜，封帆船八艘，装运费时八天。”

　　10日至13日，川石岛的日本海军陆战队携带大量军火、物资和文件，分批退往马祖岛，拟集结休整后逃回厦门归建。他们逃离川石岛时依然兽性大发，将无法带走的“所有军火物资分别焚毁或投入海中”，还“枪决岛民陈姆姆一名及民妇一名，并带去壮丁九十余人，岛内少年妇女均被敌军强奸”。

　　随着日军逃离，由军统局创办并指挥的“军事委员会东南特种技术训练班”（简称“东南班”）和海军闽江江防司令部（原海军马尾要港司令部）所辖海军陆战队，先后进占粗芦岛、壶江岛、川石岛，闽江出海口诸岛屿全部光复。

　　13日，翁尚功按照军统局的指令宣告反正。风云突变，暂栖马祖岛的日本海军陆战队没有防备，在大势所趋且力量对比悬殊的情况下被迫缴械，但只愿向国民政府或其军事当局投降。