【拓展阅读】

　　1.鉴定出菠萝基因组中所有参与景天酸代谢途径的基因。

　　菠萝是具有景天酸代谢（CAM）光合作用的最重要的经济作物。景天酸代谢途径是一种区别于C3植物的碳固定通路，起源于干旱地区，有很高的水分利用效率。相比于典型的C3植物，景天酸代谢植物最高可节水80%，从而可以生长在干旱贫瘠等劣质土地。其他的1万多个种CAM植物分布在35个科，其中包括龙舌兰、仙人掌、火龙果和大多数兰花。对菠萝基因组控制景天酸代谢光合作用通路进行详细分析，鉴定了所有参与景天酸代谢途径的基因。这为后续在作物中通过基因改造景天酸代谢光合作用奠定了基础。

　　2.首次发现景天酸代谢光合作用受昼夜节律基因的调控。

　　通过分析参与景天酸代谢光合作用的基因表达的昼夜节律，发现是菠萝β碳酸脱水酶在夜间固定二氧化碳。菠萝的三个β碳酸脱水酶基因的启动子区域都含有一个顺式调控元件CAA1结合位点，这一位点是结合参与昼夜节律调节的核心元件。此外，景天酸通路相关基因富集了多个顺式调控元件，这些顺式调控元件受昼夜节律基因的调控，例如早晨元件（CCACAC）和夜间元件（AAAATATC）。首次发现了景天酸代谢光合作用受昼夜节律基因的调控。

　　3.菠萝景天酸光合作用是通过改变C3光合作用现有基因的调控元件，有别于其它新性状通过新基因的获得而形成。

　　菠萝景天酸代谢光合作用的不是通过全基因组复制或串联基因复制产生的重复基因演化而来。景天酸的光合作用所需要的基因存在于每个植物物种中，只是调控元件改变了而已。这使得通过基因组编辑技术来人工改造景天酸代谢光合作用更可行。

　　4.景天酸的演化是通过在特定时间激活或抑制C3光合作用相关基因的调控元件实现的。

　　基因互作网络分析显示景天酸代谢光合作用关键酶的调控元件得到激活或抑制。抑制一些基因在特定时期的表达在景天酸代谢光合作用演化过程中起了重要作用。

　　5.首次量化了无性繁殖的自交不亲和的农作物的基因组杂合率。

　　菠萝扩繁是通过无性繁殖，菠萝新苗是通过果实上的“多叶皇冠”获得的，或者是通过生长在母株基部的吸根获得。这使得菠萝基因组的杂合率要高于其他多数作物，约为2%，本研究首次量化了自交不亲和的农作物基因组的杂合率。

　　6.转座子是造成菠萝基因组不稳定的主要因素。

　　转座子序列占了菠萝基因组的69%，而且其中一个转座子家族占据了基因组的15%。这说明转座子是造成菠萝基因组不稳定的主要因素，从而引起高速率的体细胞突变。

　　7.菠萝基因组可作为所有单子叶植物的参考基因组。

　　菠萝是单子叶植物，在进化树上与禾本科近缘（包括玉米、高粱、小麦、水稻），是禾本科作物比较基因组分析的最好的参考基因组。相比于禾本科植物的三次全基因组复制，菠萝基因组只经历两次全基因组复制，有更少的基因，这也是菠萝用于研究基因功能和互作的一个优势。

　　8.用25条菠萝染色体重建了单子叶植物共同祖先的7条染色体。

　　由于菠萝自交不亲和，以无性繁殖为主，有性繁殖世代少，造成较少的后代染色体重组与重排。菠萝染色体组成与单子叶植物的祖先形式更加相似，单子叶植物七条古老染色体得以重建，为阐明最后的共同祖先的基因含量与结构提供了一个很好的参考基因组。

　　9.菠萝基因组已用于校正古基因组复制事件的发生时间，为估算复制时间提供了目前最好的证据。

　　10.菠萝基因组被作为研究高粱种系特异基因家族迁移率的参考基因组，已鉴定出在高粱种中迁移率高的特异基因家族。