公告指出此次审计发现的主要问题：

　　一是，生态环境保护相关资金管理使用方面存在的问题。

　　截至2017年底，8省有12.56亿元水污染防治、石漠化综合治理等专项资金结存在相关地方财政部门，有8.21亿元结存在项目主管部门及实施单位，均超过1年。

　　2013年12月至2018年1月，8个地方政府主管部门及所属单位违规使用生态环境保护相关资金2580.49万元，主要用于弥补行政经费、其他项目支出等；5个县级地方政府重复申报退耕还林还草专项资金105.6万元。

　　10省有197个污染治理和生态修复项目未按期开(完)工，5省有19个项目建成后效果不佳。

　　二是资源开发和生态保护方面存在的问题。

　　截至2017年底，10省已建成小水电2.41万座，最小间距仅100米，开发强度较大。5个省“十二五”期间新增小水电超过规划装机容量，8个省有930座小水电未经环评即开工建设，6个省在自然保护区划定后建设78座小水电，7个省有426座已报废停运电站未拆除拦河坝等建筑物，7个省建有生态泄流设施的6661座小水电中有86%未实现生态流量在线监测。过度开发致使333条河流出现不同程度断流，断流河段总长1017公里。

　　7个省有关市县突破国家、省两级审批制度，自行设立开发区249个(其中2016年以来新设8个)，占地447万亩，其中有72个设立5年以上但建成率不足5成，还有10个与基本农田重叠2.77万亩。有62个开发区位于重点生态功能区或与禁止开发区域重叠，其中18个是在全国主体功能区规划实施之后设立或扩建的。

　　10个省有501家单位无证取水，60家单位超量取水；截至2017年底，7个省有667个违规占用岸线项目尚未整改到位。

　　2016年以来，3省有21个新建或扩建的化工、造纸等项目，未履行环评或产能置换等审批手续。

　　网络非法销售电鱼机等问题缺乏监管，助长了非法电鱼行为。11省近4年共发生非法电鱼案件3.46万起，年均增长8.8%，其中149起发生在珍稀鱼类保护区内，胭脂鱼等珍稀鱼类被电亡，还导致超过30人死亡。

　　三是污染治理方面存在的问题。

　　长期持续整治的洞庭湖、鄱阳湖等5个国家重要湖泊，由于统筹治理不到位等原因，2017年的水质仍为IV类及以下。

　　75个开发区未依法开展规划环境影响评价；106个开发区未建设污水集中处理设施；70个开发区虽建成污水集中处理设施，但未按规定安装在线监控装置或与环保部门联网；46个开发区因管网不配套等，污水处理效果不佳。

　　截至2017年底，9省有118座敏感区域的城镇污水处理厂未按国家要求达到一级A排放标准。因污水处理能力不足、管网损坏等，6个省2017年有2.24亿吨污水未有效收集处理或直排入河。

　　截至2017年底，3个省的9个垃圾填埋场或焚烧厂超负荷运行；2个省132处无防渗措施的非正规垃圾堆放点未完成清理；5个省的20个垃圾填埋场或中转站产生的285.75万吨渗滤液排入城市管网或周边水体，还有197万吨渗滤液积存场内。7个省的48家单位未按规定存储、转运或处置危险废物，4个省的6家单位未按规定处置医疗废物。

　　截至2017年底，9省的56个饮用水水源地一级保护区内存在排污口、养殖场等建设项目；3省的7个城市饮用水水源地和71个乡镇饮用水源地断面水质超标。

　　截至2017年底，10省有5.61万个地下储油罐(占应改造总数的52%)未更换为双层罐或进行防渗改造；3个省有348台10蒸吨及以下燃煤小锅炉未淘汰；2省的个别市县还有8家小型造纸、电镀企业未关停；3个省有46户禁养区内规模以上畜禽养殖场应关未关，3个省有413家养殖场未建配套治污设施。

　　审计署指出，对以上审计查出的问题，审计署已依法出具审计报告，提出处理意见，并要求有关地方政府在整改期限截止后依法向社会公告整改结果。

　　目前，有关部门正在组织对小水电过度开发问题进行专项整改，相关地方对违规占用岸线等问题已制定整改措施，淘汰10蒸吨以下(含)燃煤锅炉275台，关闭或拆除9个饮用水水源地保护区范围内的建设项目，有关单位已收回部分财政资金。

　　审计署称，将继续跟踪检查后续整改情况，进一步督促审计发现问题整改到位。