诞生伊始，福州保税区带动了我市、我省及周边地区的外向型经济发展。但受制于体制，在2001年前，福州保税区发展得相当艰难，除保税仓储外其他功能发挥得差强人意。

　　为转变福州保税区发展的不利局面，2000年~2003年，福州市委、市政府赋予福州保税区独立行政管理体制，并下放一批行政审批管理权限。福州海关出台政策，对进出口货物采取直通式的通关模式，实行“区港联动、直提直放”。这些举措解除了长期以来束缚保税区发展的枷锁。

　　2001年，中国加入WTO，全球经济一体化和自由化的浪潮席卷而来。福州面临前所未有的发展机会。当年，福州保税区对功能进行重新定位，致力于海峡两岸国际物流中心的建设，大力发展现代国际物流业，吸引了伯灵顿物流、马士基物流等一大批国内外大型物流企业进区运作，形成了出口拼箱、进口分拨和贸易配送等三大物流特色，促进了保税区经济裂变式的发展。