２００２年至今，两地举行规模较大的佛教交流活动１３次，其中厦门佛教界人士６批次近３００人次赴台湾、金门交流，台湾、金门、澎湖佛教界人士７批次近１０００人次来厦门交流。

    ２００３年７月，厦门市佛教界举办海峡两岸暨港澳台佛教界的祈福大法会，来自大陆、台湾、香港和澳门的佛教弟子汇聚一堂，为降伏非典、国泰民安、祖国和平统一、世界和平祈福。中国佛教协会会长一诚法师、台湾佛光山星云长老、台湾“中佛会”净良长老、香港佛教联合会觉光长老、澳门佛教总会健钊长老及“中佛会”副会长兼秘书长学诚法师等参加了法会。台湾组成了以佛光山、台湾“中华佛教理事会”等为主的佛教界代表团６０多人参加了大法会。

    ２００７年５月，厦门、金门、澎湖三地佛教界在厦门市南普陀寺举办首届海峡两岸“温馨之夜”传灯祈福法会，金门佛教会理事长星海法师、澎湖佛教会理事长心航法师率１４４名来自金门和澎湖的佛教界人士参加了法会。

    上世纪８０年代中后期，不少台湾信众冲破阻碍，绕道前来厦门祖宫祖庙谒祖朝拜。近年来，两岸民间信仰交流日益频繁，层次越来越高，以进香名义组团前来青礁慈济宫、灌口凤山祖庙、马巷池王宫等三个祖庙进香台胞日益增多。

    保生大帝作为两岸民众的共同信仰，受到两岸同胞的共同关注，青礁慈济宫已成为加深两岸人民了解和情谊，促进两岸民间交流的重要平台。今年６月，台湾“中华道教总会”在理事长张柽的带领下一行１４０多人到青礁慈济宫进香，这也是台湾“中华道教总会”第一次到青礁保生大帝慈济祖宫参访进香。

    今年７月，保生大帝神像首次通过包机直航巡游澎湖。７月４日，由２７３人组成的厦门海沧“戊子年保生大帝神像巡游澎湖”活动团乘坐首批两岸周末包机抵达澎湖，开展为期四天三夜的巡游活动。这是大陆首个以空中直航方式前往澎湖的民间信仰团组，也是迄今为止在澎湖地区进行的规模最大的两岸民间交流活动。

    ２００７年１０月，厦门市基督教青年会与上海市基督教青年会、台中市基督教青年会联合举办以“四海同歌”为主题的海峡两岸基督教青年音乐会，来自海峡两岸三市的演员相聚一堂，同台演出，本次音乐会的成功举办，推动了两岸基督教的交流。今年４月，厦门市组织基督教界人士首次赴台交流，增进了两岸基督教界的同胞情谊。（完）