这家博物馆由开元寺主持道元法师设计，建筑面积3200多平方米，有殿、堂、房、舍几十间，全系木面结构，殿宇五重，中间三进采用蜡角式建筑，其中戒坛为重檐，五重正殿依次排列。在正对山门的一条中轴线上，与东西两厢的钟、石雕廊房建筑相连接，浑然一体，布局严谨，气象庄严。五重殿由几十根巨型石柱支撑，柱上斗拱，精雕细刻，尤其是各殿镂空花窗式样繁多，图案达数十种之多，令人眼花缭乱。

　　博物馆内共分5个展馆。第一展馆主要为书画、花瓶馆；正门梁间悬挂着一幅刻有“曹溪一指”的大匾，柱挂对联“锡杖婆娑百经尘世三千劫，草鞋踏破虚扣柴扉二十年”，楹文联系明代大书法家张瑞图手笔，虽已历经数代，依然神气若昔，荡气回肠。馆中尤为引人注目的是一部为“纪念中华佛教两千年组织委员会”发行的《中华佛教两千年》经典纪念画册，该画册绝版印刷2000部，每部重53公斤，为大四开本，是一部完全靠手工装订出来的精美大型画册，该画册打破了中国印刷史上的多项纪录，号称“中华书籍之最”。

　　位于大殿及正殿后面的第二展馆是佛像经卷馆；馆中展有唐代海兽葡萄镜一面，还有明代、清代佛像及香炉。经书中大多数为绝无仅有的珍品，如福州开元寺宋刻《毗卢大藏经》之《大云请雨经》原本，这部堪称国宝的经典大部分都于早年流失东瀛，省佛教协会千方百计花费100多万元从日本迎回一部影印本仍然不全，而残缺部分却完好保留在这里。展出中还有五代梵册《金银经》残卷及一部元代如照法师刺血书写的《法华经》，乃绝世珍品。

　　第三展馆所展示的历代铜、铁钟及第四展馆展出的历代石雕佛像也都是不可多得的珍贵文物。

　　第五展馆是弘一法师纪念馆，这里不仅展出弘一法师生平的史实图片和文字介绍，还有大师生前所用过的床、桌、椅等生活用具以及大师圆寂照片。更为难得的是馆中展出了大师当年扮演《茶花女》的主角玛格丽特剧照、大师未出家时任教于杭州师范学校为美术课人体写生之照和大师真迹墨宝。这些都将为海内外专家、学者研究泉州佛教提供宝贵的资料。