该寺创建于唐贞元五年（公元789年），明嘉靖三十四年（公元1555年），倭寇侵犯，佛寺焚毁殆尽。清末民初，战乱迭起，殿宇大多被毁殆尽。1950年，寺院遭大火，文物藏经全部毁于一炬。寺院仅存隐元重建的法堂一座。后由信众募捐搭建了几座简易的庙堂。1987年，万福寺被国务院列为全国汉传佛教重点开放寺院之一。1989年，印尼华侨陈先生捐资千万元，修建了从山门至大雄宝殿的所有建筑。