根据《海峡两岸海运协议》，双方同意两岸资本并在两岸登记的船舶，经许可得从事两岸间客货直接运输。大陆方面将开放包括48个海港、15个河港在内的63个港口(含港区)，台湾方面开放6个本岛港口和5个“小三通”港口。

　　从港口分布来看，大陆方面的港口，从南到北，遍及大陆沿海和重要河流，台湾方面开放的港口也涵盖了其目前主要通商港口。双方相互开放的港口完全能够满足当前和未来一个时期两岸经贸交流的需要，并将视情增加开放港口。

　　附：海峡两岸海运直航港口(港区)名单

　　大陆：丹东、大连、营口、唐山、锦州、秦皇岛、天津、黄骅、威海、烟台、龙口、岚山、日照、青岛、连云港、大丰、上海、宁波、舟山、台州、嘉兴、温州、福州、松下、宁德、泉州、肖厝、秀屿、漳州、厦门、汕头、潮州、惠州、蛇口、盐田、赤湾、妈湾、虎门、广州、珠海、茂名、湛江、北海、防城、钦州、海口、三亚、洋浦等48个海港，以及太仓、南通、张家港、江阴、扬州、常熟、常州、泰州、镇江、南京、芜湖、马鞍山、九江、武汉、城陵矶等15个河港。

　　台湾：基隆(含台北)、高雄(含安平)、台中、花莲、麦寮、布袋(先采专案方式办理)等6个港口，以及金门料罗、水头、马祖福澳、白沙、澎湖马公等5个“小三通”港口。