1984年退役后,吴清源仍刻苦钻研,先后出版《21世纪围棋》等著作。年逾90岁后,他还在围棋杂志上发表战局解说文章,对围棋的激情从未衰减,一直孜孜不倦地探寻围棋世界的真谛。晚年,他发明“21世纪围棋”,抛弃功利性,改为提倡艺术价值,揭示围棋的高远境界。他还希望通过围棋实现世界和平,“均衡、和谐”可谓吴清源一生追求的围棋信念。

　　引退后,吴清源还专注于栽培年轻后辈,得意门生包括日本名誉天元林海峰、世界围棋史上第一个女子九段棋手芮乃伟等棋坛名人。他还经常举办棋艺研究会,毫无保留地热心指导后起之秀。

　　2012年,在日本《围棋周刊》评选的“受欢迎、受尊敬棋手排行榜”中,吴清源名列第一。

　　步入暮年后,吴清源在神奈川县小田原的一个养老院静养。据《读卖新闻》报道,今年6月,在百岁生日宴上,亲朋好友合唱生日快乐歌时,他还面带微笑,精神矍铄。吴清源还在生日宴上说,期待中日通过围棋进一步加深友好关系。但在11月30日凌晨,其身体状况突然恶化,不幸离世。有人说,他只是换一个世界下棋。其告别会定于近日举行。