福建馆内部按空间和功能划分为四个展区：

　　第一展区为实景区。有高科技LED显示屏模拟的九曲溪，还有武夷山、鼓浪屿、妈祖像等实景模型。主要展现福建美丽的景色、良好的生态和闽台独特的“五缘”关系。实景旁边还设有茶艺台，可以展示福建浓厚的茶文化。在实景区安座的妈祖雕像由妈祖故乡莆田市政府专门为世博会定制，采用缅甸纯汉白玉制作，高3.23米，是目前国内最大的汉白玉妈祖雕像。

　　第二展区为互动区。展区中有三个直径两米的大圆球，分别用福建特色的脱胎漆器、德化白瓷和漆线雕工艺制作。每个球上面都有一组经艺术家创作的精巧图案，分别展现我省参博主题的三条主线“开放前沿”、“缘通两岸”与“和谐家园”的相关内容。互动区背面展馆墙上是一面近30平米的大型高清LED播放屏，通过大屏幕播放宣传影片可以更加深动、全面地介绍海西发展的成就、理念与美好的前景，从而弥补展示空间的不足。大型LED屏幕由福建电子信息（集团）公司提供。屏幕两边是两个超大的脱胎漆瓶，由福州脱胎漆器行业协会于2004年开始专门组织企业为参与本届世博会制作，每个直径1.5米，高3.6米，是国内已知的最大脱胎漆瓶。超大脱胎瓶既表现福建城市独特的艺术品位，又寓意“平安福建”，平安是美好生活的前提。并且和第一展区妈祖文化的精神相呼应。