与机遇并存的还有挑战。上海海洋大学副校长黄硕琳教授认为，台湾的远洋渔业捕捞技术、水产养殖水平和水产品加工技术都优于大陆。ECFA生效后，税率下降将导致台湾出口到大陆的水产品价格下降，大陆的水产企业只有不断提高产品质量，不断降低生产成本，才能应对这种挑战。此外，ECFA协议生效后，台湾远洋渔业、水产养殖和水产品加工方面的科学研究和开发服务，将推动大陆渔业技术的快速提升，促进渔业经济更健康、快速发展。

　　“当前，两岸需要加强远洋渔业、休闲渔业及水产品加工业等领域合作。”黄硕琳教授认为，台湾渔企有着先进的技术、设备和经验，大陆有着渔业劳工优势和国际政治空间，两岸联手可开发更广阔的国际资源，争取到更多的国际配额，有利于两岸远洋渔业更好发展。