清同治七年（ 1868 年）春， 船政建天后宫，同年夏至（ 6 月 21 日）落成，共耗工料银 3082 两。船政天后宫位于马尾婴脰山坳，海拔 52.4 米。民国 18 年 （ 1929 年）天后宫改为林孝女祠。抗日战争后，宫中文物散失严重，宫前松林被砍伐。1958 年铜钟和铁鼎散失。1971 年天后宫被拆毁，盖起教师宿舍。1997年在原马尾天后宫废墟遗址上，重建马尾天后宫大殿，面积约200平方米。2008年1月在原址上由马尾区委、区政府出资重建的船政天后宫落成，总用地面积7975平方米，建筑占地面积1334平方米，主体建筑面积1150平方米。

　　总体结构布局为三进五开间，一进为戏台，二进为八角楼，三进为大殿，回栏沿两边并建有钟楼、鼓楼，附属建筑有观景亭等。上下中庭、大殿、魁星阁，全部采用与当年建宫时所用樽木纹理、质地几乎一样的菠萝阁木所造，中间雕花用香樟木刻成嵌上。因此，重建后的马尾船政天后宫，不但仍是世界上惟一船政天后宫，而且还成为世界上惟一木制天后宫。